Сильнее всего их угнетают загрязнение среды обитания, использование плотин, сельское хозяйство и изменение климата.
На пресноводные экосистемы приходится не более процента земной поверхности, но именно в них обитает 10% известных биологических видов, в том числе треть позвоночных и половина всех рыб.
Водоемы суши подвергаются значительной антропогенной нагрузке, потому что на небольших территориях вокруг них уже несколько тысячелетий люди активнее всего ведут хозяйство. При этом приоритеты в защите биоразнообразия и исследованиях его утраты, как правило, ориентируются не на пресные водоемы, а, например, на систематику — существуют глобальные списки млекопитающих, птиц и земноводных, находящихся под угрозой.
Начиная с 1500 года уже вымерло 89 видов таких животных: 82 вида рыб, шесть видов ракообразных и один вид стрекоз.
Основными угрозами для фауны ученые назвали загрязнение среды обитания (затрагивает 54% уязвимых видов), строительство плотин (39%), сельское хозяйство и изменения землепользования (37%), инвазивные виды и болезни (28%), а также изменения климата (20%). Наибольшая концентрация уязвимых видов наблюдается в озерах Виктория и Титикака, на Шри-Ланке и в Западных Гатах.